A EMTr pode ser usada no tratamento do tinnitus subjetivo corroborando com sua desativação. O mecanismo que origina o tinnitus pode ser uma lesão coclear aguda (por exemplo: infecção e ototoxicidade) ou crônica (por exemplo: presbiacusia, traumatismo sonoro crônico), responsáveis por mudanças centrais como a desaferentação auditiva, resultando em plasticidade neuronal cortical e subcortical. A percepção subjetiva dessas mudanças ocorreria na forma de um zumbido. Sendo assim, o objetivo da EMTr seria modular a atividade do córtex auditivo como forma de eliminar/reduzir o tinnitus. A maior parte dos ensaios clínicos utiliza a EMr de baixa frequência aplicada sob o córtex temporoparietal esquerdo, como forma de solucionar a disfunção neuronal relacionada à hiperatividade dessa área.
